笔者认为，上述争论实际涉及有关证明的标准和举证责任问题，需要探讨以下几个法律要点。
其一，税务机关应当按照什么标准判断企业业务的真实性？
28号公告给税务机关判断企业的有关支出能否进行税前扣除提供了硬性标准，即“支出真实且已实际发生”。同时，28号公告第十四条又给税务机关提供了明确的判断标准，即如果企业因特殊原因无法补开、换开合规发票，可凭28号公告第十四条列举的资料证明其支出的真实性。如果以“支出真实且已实际发生”为实质标准，是不是只要满足28号公告第十四条列举的6项形式标准，就能认定企业“支出真实且已实际发生”？现实情况表明，经济生活复杂多样，纳税人即使提交了第十四条列举的全部资料，也不能完全证明其支出的真实性。税务机关只凭书面审查进行判断，也无法准确判定有关支出真实且已发生。所以，笔者认为不能在28号公告确定的实质标准和形式标准之间画等号。
税务机关对纳税人支出真实性的判定，是应当通过充分调查进行实质性判定，还是依据28号公告第十四条规定进行形式审查？从税务执法的角度，笔者认为还是应当坚持实质性的判断标准，即必须以确定“支出真实且已实际发生”为最终标准。
其二，对于“支出真实且已实际发生”，如何明确举证责任？
适用28公告的条件为“应当取得而未取得发票”，以及“支出真实且已实际发生”。那么，“支出真实且已实际发生”的判断应当在什么阶段进行，由谁来判断呢？笔者认为，此处的“支出真实”应由纳税人进行主张并举证，具体标准是提供28号公告第十四条所列的资料。税务机关在收到资料后，再进行综合判断，确定交易是否真实。
28号公告第十四条可以看作是对纳税人举证责任的明确。即纳税人只要按照第十四条规定提交了资料，就能证明其支出的真实性。而对于税务机关来讲，只有掌握的证据足以完全推翻纳税人提交的资料，有关否定其交易真实性的处理才可成立。这无疑加重了税务机关的举证责任。
本案中，主管税务机关对明月公司有关交易的真实性提出了三个疑点，也有相关的证据支持，但对于明月公司与A公司和B公司的交易来说，这三条证据都是间接证据，其证明力不足以推翻明月公司提交的证明资料。而由于A公司和B公司已经走逃，税务机关很难进一步搜集证据。在这种情况下，如何进一步举证，消除有关交易真实性的疑点，是一大难题。
其三，对疑点问题的举证责任应当如何分配？
有人认为，既然税务机关发现了交易真实性的疑点且有证据支持，纳税人就应当对该部分疑点进行解释并提出证据证明。这里涉及举证责任分配问题。
举证责任分为“行为意义上的举证责任”（主观举证责任）和“结果意义上的举证责任”（客观举证责任）。主观举证责任，简单而言就是谁主张，谁举证；客观举证责任，则是在案件经审理后事实仍真伪不明时，何方当事人应承担对其不利的事实认定。实务中，对客观举证责任的常见误读就如上面提到的观点，认为客观举证责任会随着诉讼的进行和证据的举示，在双方当事人之间不断转移，比如就某一有争议的事实，一旦原告举示了初步证据，则客观举证责任就转移至被告，若被告无法举出足够的反证，则应作出对被告不利的事实认定。这种错误认识将客观举证责任在实务中的运行想象成了“打乒乓球”一般。而实际上，客观举证责任一般都根据实体法规范，在诉讼前就已经被“客观”地确定下来，且只能由当事人的一方承担而不会同时分配给双方，也不会在双方当事人之间发生转移。在行政诉讼法中，适用“举证责任倒置原则”，行政机关本就被赋予了更严格的举证责任，关于行政复议中的举证责任，也可以借用行政诉讼的举证责任分配理论来判断实践中的问题。
从28号公告规定来看，对交易真实性的举证责任是由纳税人承担的，但是这种举证责任又做了进一步的明确，即提供第十四条所列资料即视为纳税人完成了举证责任。对税务机关来说，如果要推翻纳税人提交的资料，就要对有关交易的非真实性承担举证责任。只有在税务机关提交的证据足以推翻纳税人提交资料真实性的情况下，举证责任才会发生转移，否则税务机关就要对举证不能承担不利后果。