针对特许经营中“注册商标”问题，不同法院对此争议也曾出现过不同判决。2008年在被特许人汪某与河北省某食品机械有限公司的特许经营纠纷一案中，天津市河东区人民法院曾判决因特许人不具有注册商标而撤销了双方签订的《加盟合同》和《产品购销合同》。
但随后北京高院“美丽妈妈”特许经营纠纷一案中，法院认定未取得注册商标并不影响特许经营人资格和经营资源。
2011年北京高院出台了《关于审理商业特许经营合同纠纷适用法律若干问题的指导意见》，该指导意见的第二条明确，经营资源既包括注册商标、企业标志、专利，也包括字号、商业秘密、具有独特风格的整体营业形象，以及在先使用并具有一定影响的未注册商标等能够形成某种市场竞争优势的经营资源。
2012年“中华黄金”特许经营纠纷一案中，被特许人主张“中华黄金”不是注册商标，且特许人不可能享有商标专有权等理由主张特许经营合同无法履行，所以拒绝支付加盟费，但此等理由没有被法院采纳，法院认可了特许人所抗辩的“中华黄金”虽然未取得商标专用权，但通过在先使用和培育具有一定的市场竞争力，经过持续的推广宣传活动，该品牌具有客观的商业价值，双方签订的特许合同合法有效。
北京高院为代表的关于特许经营纠纷审判指导意见和判决倾向已经成为目前司法主流观点，司法实践本着特许经营合同的私法本性，非注册商标也可在特许经营中获得一席之地，因此不能仅因为不是注册商标而撤销特许经营当事人签署的合同，不能认定特许人不具有特许经营的资格。
具有一定影响的未注册的商标也是经营资源的一种，未注册商标的价值得到承认，未取得注册商标也可以开展特许经营。但是不论是特许人还是被特许人均有必要了解注册商标与未注册商标的不同之处，以便为各自企业长远稳健发展做好规划。
商标分为注册商标和未注册商标两种，所有商标的雏形都是未注册商标，经申请注册后方才荣升为注册商标。注册商标受我国《商标法》保护，在被核定使用的商品范围内享有专用权，具有排他性。未注册商标可享有的是在先权，具有相对性。未注册商标包括已经提起了注册申请但还未经商标局审查核准的、申请后被驳回的以及从未申请的三种情形，未注册商标权利人的合法权益受损时，借助《反不正当竞争法》来维权。
总体而言，注册商标因具有专用权，稳定性强，而未注册商标则具有一定的不稳定性，即使是享有在先权的未注册商标，随着企业的发展、扩张也可能存在一定的法律风险。
典型案例如广州中院和广东省高院对于“广东黑天鹅”与“哈尔滨黑天鹅”商标侵权一案判决，充分说明注册商标专有权的排他性与非注册商标的在先权的有限性。广东黑天鹅成立于1989年，但未注册；哈尔滨黑天鹅成立于1991年是注册商标。早年各处一方时相安无事，但随着各自企业发展，经营区域范围扩张，品牌冲突一触即发，广东“黑天鹅”被“哈尔滨黑天鹅”告上法庭，最终两审法院均认定“广东黑天鹅”在“哈尔滨黑天鹅”取得注册商标后开设的店铺使用“黑天鹅”构成侵权。
可见，未注册商标在先权，仅能在原先使用的范围内继续使用，给企业的发展会带来一定的隐患。
尽管我国司法实践总体上支持未注册商标的特许经营许可，但是该许可因未注册商标本身的不稳定性，可能导致特许经营存在着一定风险。
其一，使用在先的未注册商标权利受限。
我国法律上虽然承认商标的在先权，但这种在先权的使用受到限制，特别体现在地域范围上。未经注册的商标经过一段时间的使用、宣传、推广，能够产生一定的公示作用，但其辐射范围却不可比拟注册商标。典型案例风险如前述的广东黑天鹅，未注册商标的在先权只能在原使用范围内继续使用，超出范围则可能涉嫌侵犯他人注册商标权。
其二，申请在先的商标处于一个不稳定状态。
商标的在先权还包括申请注册在先，依据我国现行的注册商标流程，取得一个注册商标通常不少于一年时间，商标局收到商标注册文件之日起九个月内审查完毕，符合规定的，予以初步审定公告，公告期三个月。商标局审核后可能驳回，公告期也可能被异议。如果被驳回，申请人自己的使用都有可能存在问题，特许人又如何许可他人使用。
对特许人而言，使用未注册商标作为经营资源之一的特许，既有可能带来一些不必要的家纠纷，更可能会影响到其将来作为特许人的资格。特许人基于企业长远发展，及时申请商标注册注重知识产权保护和积累是其不二选择。
同时，在申请注册商标过程中，对于势在必得的商标若被商标局以《商标法》第三十条被驳回，或许并非“死刑”，建议及时请专业人员进行分析研究，可针对引证商标的具体情况，充分利用撤三申请等法律救济途径，力争取得注册商标，以享有商标专有权。
对被特许人而言，在决定加盟前，需要对特许人的情况进行较为全面的了解，在面对未注册商标许可时，需要自行保护己方的知情权，必要时可聘请律师为特许项目提供专业意见，知晓必要的风险，进行投资前必要的风险防范，避免盲目投资。同时被特许人在决定合作时，可以以合同条款约定特许人披露信息义务，并辅助相应的救济措施，亦可在合同中约定特许人申请注册义务，从而保障自身企业在今后发展中的利益。